Среднемесячные температуры января –18 –20°; июля – + 19-20°. Минимумы температур достигают -40-45°, максимумы – +35-40°. Осадков выпадает 250-350 мм в год (в лесостепях до 500 мм), преимущественно в теплый период. Зимой ветры сдувают снег с ровных пространств в овраги и понижения. Продолжительность безморозного периода не более 110-120 дней.
Особую живописность придают хакасским степям не только грядовый рельеф со скалистыми обнажениями и возвышенностями, и обилие разнообразных озер. Их в степном поясе более 200; они неравномерны по типам происхождения и площадям (от: 0,1 га до 8000), имеют разные степени минерализации, отличаются уровнями зарастания. Из общей площади заповедных участков (27,7 тыс. га) 18,7 приходится на целинные степи и суходольные луга. Древесно-кустарниковая растительность занимает 3,4 тыс. га; болота и солончаки – 1,9; водоемы – 3,7.
Горно-таежные территории заповедника
Физико-географические условия. Горно-таежная группа заповедных территорий пока включает лишь кластерный участок “Малый Абакан”, расположенный в среднегорной и высокогорной части северного макросклона Западного Саяна. Площадь его - 104,5 тыс. га.
На участке выделяются три основных типа рельефа – альпийский высокогорный резко расчлененный, массивно-высокогорный и среднегорный эрозионный. Альпийский высокогорный рельеф распространен участками по хребтам, превышающим высоты 2000 м, и характеризуется остроугольными вершинами различных очертаний, крутыми склонами, многочисленными карами, цирками и скалистыми гребнями. Массивно-высокогорный рельеф занимает значительную часть территории и распространен на высотах 1600-2000 м, характеризуется плоскими вершинами, пологими склонами и слабым расчленением, иногда северные склоны круты и обрывисты, с выходами разрушающихся скальных пород, или же покрыты каменистыми осыпями (курумами), которые нередко большими языками спускаются по склонам в среднегорный пояс. Среднегорный рельеф развит до высоты 1700 м и характеризуется глубоким эрозионным расчленением, узкими долинами и крутыми склонами. В долинах крупных рек выделяются речные террасы, мелкие реки имеют хорошо выраженную пойму и одну надпойменную террасу.