Согласно почвенному районированию Западного Саяна (Смирнов, 1970) на территории Алтае-Саянской провинции распределение почв сопряжено с рельефом и подчиняется закономерностям вертикальной поясности. Большое влияние на распределение почв в районе заповедника оказывает главный Саянский хребет, расположенный на пути господствующих ветров. В результате этого на подветренных слонах выпадает большое количество осадков, обусловливая широкое развитие горно-лесного пояса. В связи с этим в разных частях заповедника имеются свои особенности вертикальной поясности и своеобразная последовательность почвенных зон. Значительная крутизна склонов в районе заповедника обуславливает формирование маломощных, порой слаборазвитых разновидностей почв.
Специалисты выделяют здесь около 12 типов почв от горно-тундровых до горно-каштановых и аллювиальных. Под лесами (высота 700-1500 м) развиты горные лесные и горные дерново-подзолистые почвы, которые на субальпийских лугах сменяются горно-луговыми почвами. В высокогорной области Западного Саяна, расположенной выше 1500-1800 м, почвы обычно маломощные, поверхностно-глеевые.
Значительные территории высокогорий заняты каменными или щебнистыми осыпями гранитов, сланцев, серпентинитов с отсутствующим или зачаточным процессом почвообразования на них. Северные склоны Западного Саяна, отличающиеся циклоническим климатом, в субальпийском поясе характеризуются широким распространением субальпийских лесо-луговых почв и значительно меньшими площадями горно-тундровых торфянистых почв. В альпийском поясе преобладают горно-тундровые торфянистые и перегнойные почвы, значительные территории занимают примитивные, фрагментарные и горно-тундровые дерновые. Горно-луговые альпийские вследствие слабого развития альпийских лугов также занимают незначительные территории. Из них наиболее обычны альпийские перегнойные, менее обычны альпийские дерновые и торфянисто-глеевые (Красноборов, 1976).
К поясу темнохвойных лесов приурочены горные подзолистые почвы. В типе горных подзолистых почв выделяются два подтипа: горные собственно-подзолистые и горные дерново-подзолистые. Горные собственно-подзолистые почвы свойственны пихтовым и пихтово-кедровым зеленомошным и зеленомошно-кустарничковым лесам верхнего пояса темнохвойной тайги.
