В начале XIII в. союзы племен, населявших территорию Хакасии, были уничтожены монголами. Разрушение ирригационной сети привело к почти полному исчезновению у коренного населения пашенного земледелия и переходу его к полукочевому образу жизни. К концу XVII в. у племен, населявших Хакасию, сложились раннефеодальные княжества, которые постоянно подвергались набегам монгольских ханов и джунганских князей.
Присоединение Хакасии к России началось с постройки в 1604 г. Томского и в 1628 г. Красноярского острогов. В XVIII в. в Хакасии растет местный рынок, возникает денежное обращение, появляются первые рудники. Под влиянием русской земледельческой культуры хакасы начали переходить к оседлому образу жизни. В XVIII в. управление хакасами было разделено между канцеляриями городов Красноярска и Кузнецка. С введением "Устава об управлении инородцев" (1822 г.) земли хакасов, получивших название "кочевых инородцев", вошли в состав Енисейской губернии (Ачинский и Минусинский уезды). Административное управление осуществлялось степными думами.
С середины XIX в. начала развиваться золотодобывающая промышленность, в начале XX в. возникла каменноугольная промышленность (Черногорские, Изыхские, Калягинские копи). С проведением в конце XIX в. Сибирской железной дороги значительно вырос товарооборот, увеличился приток в Хакасию русских переселенцев.
