Печальная участь постигла большинство храмов в Хакасии. В с. Аскиз в 1947 г. церковь была снесена, а на ее месте построен Дом культуры; в с. Бея в церкви после 1934 г. была утроена пожарная охрана, затем осенью 1938 г. ее взорвали; в с. Усть-Есь - снесена в 1956 г.; в с. Усть-Чуль в 1940 г. - снесена часовня; в д. Батени и д. Усть-Ерба церкви были снесены в связи с переносом деревни и заполнением Красноярского водохранилища; в с. Сон - клуб, в Чебаках - амбулаторию, два дома Анжульского монастыря разобрали и, в конце концов, уничтожили, 1961 г. - разрушена церковь в Туране.
В годы правления советской власти действовали Никольский храм в г. Абакане, а также Благовещенский храм в г. Абазе. В 1951 г. был построен и открыт новый храм на новом месте в Кызыле.
В наступившие годы перестройки, с падением устоев социалистического строя, когда Церковь получает определенную свободу, началось образование новых приходов и в Хакасии.
В 1990 г. была возрождена Красноярско-Енисейская епархия, в состав которой входили приходы Республики Хакасия. Управлял епархией епископ Красноярский и Енисейский Антоний (Черемисов).
В 1995 г. определением Святейшего Патриарха Алексия II и Священного Синода была образована Абаканско-Кызыльская епархия, Управляющим епархией был назначен епископ (с 2000 г. - архиепископ) Викентий (Морарь).
В 1999 г. Преосвященный епископ Викентий был назначен на Екатеринбургскую кафедру. Временное управление епархией было поручено архиепископу Красноярскому и Енисейскому Антонию.
29 декабря 1999 г. постановлением Святейшего Патриарха Алексия II и Священного Синода епископом Абаканским и Кызылским назначен епископ Южно-Сахалинский и Курильский Ионафан (Цветков)
