На территории участков заповедника заложены площадки для мониторинговых наблюдений за состоянием популяций растений, занесенных в Красную книгу РСФСР (руководитель – к.б.н. М.К. Воронин) и процессами мутации степей. С 1998 г. ведутся исследования по влиянию сенокошения и выпаса коней на степные участки заповедника (руководитель – к.б.н. Г.Т. Кандалова).
Для горно-таежного участка заповедника основное направление исследований – наблюдения за состоянием основной лесообразующей породы – кедром – в совокупности со всеми экологическими компонентами данного сообщества; слежение за продуктивностью ягодников. Проведено несколько ботанических экспедиций и собран большой фактический материал.
Важное направление – проведение учетных работ и слежение за динамикой численности основных промысловых видов животных: медведя, марала, соболя. Важное значение имеют исследования по редким видам животных: снежному барсу, красному волку, алтайскому горному барану (аргали), скопой, черным грифом. В настоящее время под руководством к.б.н. Г.В. Девяткина ведутся исследования по экологии соболя. В рамках основной тематики заповедник сотрудничает с академическими учреждениями, Хакасским государственным университетом, научно-исследовательским институтом аграрных проблем Республики Хакасия, учебными заведениями г. Красноярска. Заповедник предоставляет некоторые участки для прохождения биологической практики студентов; в рамках эколого-просветительской работы заповедник сотрудничает с Министерством образования, учреждениями города Абакана и Республики Хакасия.
Подготовлен пакет документов для придания Хакасскому заповеднику биосферного статуса и созданию биосферного полигона на реке Каратош.
Сотрудниками заповедника проведены обширные полевые обследования и предложено создать новые резерваты в таежной части Хакасии. Один из них, кластерный участок “Заимка Лыковых” площадью 135 тыс. га в бассейне Большого Абакана, на стыке Абаканского и Шапшальского хребтов, уже оформлен решениями республиканских органов власти и находится на рассмотрении правительства Российской Федерации
