На территории республики протекает более 320 рек. Енисей – одна из величайших рек России, протекает вдоль восточной границы Хакасии на протяжении 300 км.
Самая крупная река Хакасии – Абакан, левый приток Енисея, берет свое начало у подножья Западного Саяна, в нее впадают многочисленные притоки: Аскиз, Уйбат, Есь, Таштып, Тея. Река Абакан является основным источником воды для жителей республики.
В Хакасии большое количество озер, самые большие из них: Белё, Черное, Шира, Иткуль, Фыркал. Большинство озер соленые (Сорокаозёрки, Улуг-Холь, Юсколь и др.)
Природные условия для жизни населения благоприятные. Экологическая ситуация наиболее неблагоприятна в городах, что обусловлено главным образом комплексным нарушением земель, загрязнением атмосферы, почв и вод. Наблюдаются деградация лесных массивов, интенсивное оврагообразование. Вокруг Абакана – зона общего загрязнения территории.