Енисейские наскальные надписи оказались в подавляющем большинстве молитвенными. Содержание их указывает на манихейскую веру писавших. Были среди них и миряне, и приходские проповедники, и миссионеры [Кызласов, 2001].
Покрытые 31-ой молитвенной енисейской надписью скалы Ялбак-Таш в устье Чуи на Алтае определённо показывают, что в раннем средневековье существовало два этапа почитания этой горы. Первый представлен рисунками оленей. Во всех случаях, когда это может быть установлено, надписи нанесены позднее изображений и нередко не считаются с ними. Ко второму этапу почитания скалы принадлежат сами рунические надписи.
Истоки обычая наскального молитвенного письма, вероятно, могут быть определены довольно точно. При более, чем 60-ти открытых енисейских надписях показательно полное отсутствие на Алтае наскальных надписей младшего орхонского алфавита, время существования которого в целом совпадает с победой манихейства в Уйгурском каганате. Известна только одна камнеписная орхонская надпись той поры, вырезанная на скале Бичикту-Бом [Кызласов, 1997, с. 110-112]. Такой разительной картины не могло возникнуть, если бы восточное манихейство изначально, с 763 г. несло с собою в Центральную Азию обряд наскального ритуального письма. Нет манихейских наскальных надписей и в иных пределах раннего распространения этой религии — ни в Средней Азии, ни на Среднем Востоке. Мы вправе заключить, что изучаемый обряд есть характерная особенность северного манихейства и сложился он на местной южносибирской почве. Его неоспоримая связь с енисейским письмом указывает на древнехакасскую природу тех воззрений, которые с принятием манихейства привели к культовому письму на скалах.