Древесно-кустарниковая растительность в степной части заповедника встречается на северных склонах в виде перелесков и небольших колков и лишь на отдельных участках имеются небольшие лесные массивы. Древостой сложен березой повислой и лиственницей сибирской, реже встречается осина. Они образуют иногда чистые насаждения, но чаще – смешанные. Типичные сообщества: березовый лес с разнотравно-овсецовым покровом, березово-лиственничный и лиственнично-березовый леса с осоково-разнотравным покровом, осиново-березовый лес с осоково-разнотравным покровом. Сомкнутость крон древостоя 0,2-0,5, производительность не более IV-V классов бонитета. Преобладают леса как паркового типа с редким подлеском, так и леса с хорошо развитым подлеском (сомкнутость полога 20-70%). В подлеске преобладают таволги (средняя, зверобоелистная и дубравколистная), кизильник черноплодный, шиповник иглистый, акация желтая, а на участке Хол-Богаз к ним добавляется рододендрон даурский, который образует заросли даже вне полога леса, на степных участках. На крутых южных склонах часто встречается лиственничное редколесье по каменистой степи. Одиночные лиственницы или небольшие группы отстоят друг от друга на большом расстоянии. Пространство между ними занято различными вариантами степных фитоценозов (в основном петрофильными). Широко распространены по логам и склонам заросли степных кустарников, состоящие из таволги средней и зверобоелистной, кизильника черноплодного, желтой акации, шиповника иглистого; реже встречаются черемуха, боярышник кровавокрасный, крыжовник, барбарис сибирский, жимолость татарская, курчавка кустарниковая.
Горно-таежные территории заповедника
Растительный покров. Особенностью участка “Малый Абакан” является его расположение на границе трех геоботанических округов: Шаманского среднегорного, Верхнеабаканского высокогорного и Верхнеонинского высокогорного (Растительный покров Хакасии, 1976). В распределении растительного покрова четко выделяются два пояса – высокогорный и горно-таежный. Растительность относится к лесному, луговому и тундровому типам.