Для степных участков заповедника характерна своя специфика и свои проблемы охраны природных комплексов. Из-за относительной молодости заповедника антропогенным воздействиям были подвержены большинство участков. В качестве основных факторов былого негативного воздействия на природные экосистемы степных участков заповедника выделены следующие: степные пожары, распашка, сенокосы, прогон и выпас скота, туризм, браконьерство (охота, рыбная ловля), сбор ягод, грибов и лекарственного сырья.
После создания заповедника большинство из этих негативных воздействий было прекращено. В первые годы наблюдались случаи самовольного выпаса скота, туризма, браконьерства и сбора ягод, грибов и лекарственного сырья. В настоящее время режим заповедности и разъяснительная работа среди местных жителей существенно снизили, а кое-где даже свели на нет все эти негативные воздействия. На всех заповедных участках там, где интенсивный выпас скота прекращен, степная растительность довольно быстро восстанавливается, в том числе и ассоциации с участием ковыля. Основной проблемой были и есть степные пожары, причем пик пожароопасного периода приходится на апрель-май, хотя в малоснежные зимы и жаркое лето пожар может длиться весь год, за исключением июня и июля. Степные пожары возникают от неосторожного обращения с огнем, чаще умышленные поджоги (палы) с прилегающих территорий.
Особенно большой ущерб природным комплексам наносят весенние палы в апреле-мае, т. к. в этот период для Хакасии характерны сильные ветры, приводящие порой к пыльным бурям, что в значительной мере затрудняет их ликвидацию. Это усугубляется еще и тем, что для тушения степных пожаров нет отработанных технологий и специальных средств пожаротушения, а единственным противопожарным инвентарем при этом является метла, но в ветреную погоду она не помогает, т.к. горящие пучки травы разносятся на расстояние до 50 м и возникают новые очаги.
