Хакасия расположена в степной и лесостепной зонах. Чётко выражена вертикальная поясность ландшафтов. В горах преобладают дерново-подзолистые, а также горно-таёжные подзолистые и горно-тундровые почвы. В межгорных котловинах и частично в предгорьях - различные типы чернозёмов. В наиболее пониженных частях котловин расположены сухие дерновинно-злаковые степи, по окраинам - разнотравные степи и лесостепь (сочетание луговых степей с лиственничными, берёзовыми и сосновыми перелесками).
Горно-таёжные леса поднимаются до высоты 1200 м на севере, 1600 м и выше на юге. На сухих склонах Кузнецкого Алатау - светлохвойная тайга из лиственницы и сосны, на склонах Абаканского хребта и Западного Саяна - темнохвойные леса с преобладанием пихты и кедра.
В степных и предгорных районах Хакасии обитают крот, горностай, колонок, в горах - белка, заяц-беляк, волк, лисица, медведь и др. Из птиц - рябчик, глухарь. В реках - таймень, линь, налим и др.
На территории Хакасии расположены заповедники Малый Абакан, Чазы.
