В Красную книгу Хакасии внесено 57 видов, из них в Красной книге России – 27 видов, а более 20 видов являются редкими для Евразии.
Млекопитающие. Для степной части заповедника выявлено 52 вида млекопитающих, из них три акклиматизированных (заяц-русак, американская норка, ондатра).
В семи степных участках Хакасского заповедника выделены четыре основные типа эколого-фаунистических комплексов.
На плакорах и пологих склонах, занятых преимущественно злаково-разнотравными степями и суходольными лугами, видовой состав наземных позвоночных животных довольно беден. Незначительна численность живородящей и прыткой ящерицы, обыкновенной гадюки, редок щитомордник. Птиц отмечено более 50 видов, большую часть из которых составляют птицы-посетители, использующие местообитания в кормовых целях (ласточки, стрижи, скворцы, врановые). Число гнездящихся видов около 20, однако фоновых видов среди них немного (полевой, рогатый и малый жаворонок, каменки обыкновенная и плясунья, степной и полевой коньки). В ковыльных и злаково-разнотравных степях обычными становятся перепел и бородатая куропатка, особенно их численность возросла после заповедания. На участках с высокими жестко-стебельными растениями гнездятся черноголовый чекан, реже бормотушка. Вблизи водоемов селятся болотная сова, журавль-красавка, кряква, шилохвость, реже серая утка. В норах лисиц гнездятся огарь и пеганка. Солонцеватая пикульниковая степь привлекает чибиса, желтую трясогузку, а на участки опустыненных степей залетает и здесь же гнездится саджа. В зимнее время доминируют красноухая овсянка, рогатый жаворонок. Реже встречаются пуночка, еще реже зимняк и белая сова. На участке Беле белые совы в отдельные годы бывают весьма обычны (до 50 особей на 10 км маршрута).
Из мелких млекопитающих многочисленны степная пеструшка и узкочерепная полевка, обычны полевая мышь, длиннохвостый суслик, джунгарский хомячок. Обычные обитатели – заяц-русак и лисица, реже встречается степной хорь и еще реже барсук. Кормятся здесь косуля и волк, особенно в зимний период.
