В период весенних и осенних миграций, озеро является промежуточным этапом для пролета тысяч уток, гусей, лебедей и особенно куликов. На озере делает продолжительную остановку малый лебедь (3-3,5 тыс.), лебедь-кликун (до 1 тыс.), серый гусь, гуменник, таежный гуменник, белолобый гусь, пискулька (отмечаются единовременные скопления 1-2 тыс. особей), улиты различных видов - в пики пролета до 8-11 тысяч. Из редких видов отмечены сухонос, савка, большой и азиатский бекасовидный веретенники, саджа, серый журавль; еще реже – черный аист и колпица. По данным Красноярского Экологического центра через озеро Улуг-Коль пролетает 28% малого лебедя из численности западного подвида, а от общей численности вида – 15%.
На озере Беле гнездятся: лебедь-кликун (1-2 пары, но не ежегодно), горбоносый турпан (15-20 пар), огарь (20-30 пар), пеганка (5-10 пар), незначительное количество речных и нырковых уток (в многоводные годы – массово), хохотунья (10-15 пар), черноголовый хохотун (не ежегодно), сизая чайка (10-15 пар), журавль-красавка (2-5 пар), различные виды куликов, обыкновенная и степная пустельги, филин и др. В летнее время на озере держатся неразмножающиеся особи огарей (до 100-200 особей), пеганок, речных и нырковых уток (до 500), красавок (до 10-15), различных видов куликов; в отдельные годы встречаются (в качестве залетных) большая белая цапля, фламинго, савка. В августе-сентябре здесь формируется предотлетное скопление огарей до 4-5 тысяч, красавок до 50-120 особей. В период миграций в большом количестве останавливаются различные виды уток, кулики, гуси (преимущественно гуменник и серый, реже белолобый, пискулька, таежный гуменник и еще реже сухонос, краснозобая казарка), лебеди (кликун и малый). На осеннем пролете непродолжительное время держится серый журавль – 0,5-1 тыс. особей. Таким образом, озеро Улуг-Коль и мелководный пролив озера Беле являются важнейшими ключевыми орнитологическими территориями России и Азии (Скокова, Виноградов, 1986; Водно-болотные угодья России, т. 1-2, 1998; Заповедники Сибири т. 1, 1999).
Горно-таежные территории заповедника
Как и для степных участков, здесь приводятся сведения только о позвоночных животных.