Рыбы. На степных и смежных с ними участках заповедника (охранные зоны) отмечено 32 вида рыб, из них 8 видов акклиматизированы до создания заповедника (кета, форель, пелядь, лещ, сибирская ряпушка, омуль, карп, судак; случайно завезена верховка). Многие акклиматизированные виды оказались в благоприятных условиях. Так, в озере Иткуль успешно нерестятся лещ, пелядь, омуль. Популяция кеты и форели на озере Беле пополняется за счет выпуска искусственно инкубированных мальков. Из аборигенных видов наиболее обычны окунь, щука, карась, плотва, озерный гольян и др. В озере Беле обитает популяция речного окуня, приспособившаяся жить в соленой воде. Причем их средний вес 1-1,5 кг, а отдельные экземпляры достигают до 3-4 кг.
В Красноярском водохранилище (в охранной зоне участка “Оглахты”) массовыми являются лещ, окунь, карась, реже встречаются хариус, ленок, таймень. Еще реже могут быть встречены стерлядь, сибирский осетр, тугун и валек (эти виды занесены в Красную книгу Хакассии).
Земноводные. Отмечено 4 вида земноводных. Более массовыми являются остромордая и сибирская лягушки, тогда как обыкновенная жаба и сибирский углозуб редки.
Пресмыкающиеся. На участках заповедника встречаются 6 видов, из них более многочисленны живородящая и прыткая ящерицы, а также обыкновенная гадюка. Редки уж, узорчатый полоз, щитомордник Палласа, занесенные в Красную книгу республики.
Птицы. На степных участках заповедника отмечено 244 вида птиц, относящихся к 18 отрядам, что составляет 79% видов птиц, зарегистрированных в Минусинской котловине. Наиболее широко представлены отряды воробьинообразных, ржанкообразных и гусеобразных. По типу фауны значительное число птиц относится к транспалеоарктическому (26%), европейскому (22%), сибирскому (48%) типам.
